皇牌空战6的故事设定的时间是2015-2016年，发生在Anea大陆上，Estovakia和Emmeria之间的冲突。自1999年，代号为尤利西斯1994 XF-04的小行星的碎片坠下各大陆后，其中Anea大陆的Estovakia国受到严重损毁，整个国家陷入内战，直至2015年一个军事政府在Estovakia成立。玩家扮演Emmeria第28战术飞行中队的一名空军飞行员，代号Talisman，与Estovakia对抗。