21XX年，殖民地卫星由拉西亚发生了恶性爆炸破坏及机器暴走事件，接到命令的X和ZERO紧急出击，原来是受到了西格玛收买的赏金猎人戴纳魔为了引开他们而设下的陷阱，这时，地球上也遭受了大面积的病毒感染，而且殖民地卫星由拉西亚也因为爆炸而改变轨道向地球冲来，为了拯救地球异常猎人收集了大炮欧尼格玛的部件并射击殖民地卫星由拉西亚但是却没能消灭它，异常猎人ZERO在和西格玛病毒的作战中对于自己没被感染却身体恢复感到惊讶，同时赏金猎人戴纳魔也不断来基地捣乱......