泡泡龙们住在靠着飞空石的力量漂浮在天空的泡泡岛，有着丰富的物产资源，过着与世无争的生活。在一个天气晴朗的早晨里，泡泡龙们乘坐着飞船去从事他们的自助旅行。正当他们坐在飞船中，愉快的欣赏窗外风景的时候，突然遭受到飞弹攻击而损坏，掉在一个无人岛上。原来是坏心眼的怪博士，为了抢夺在飞船上的飞空石而攻击泡泡龙们。坏博士抢到飞空石之后，把飞空石分给他的八个部下，打算利用飞空石神奇的力量和不需动力的飞空能力来征服世界，于是泡泡龙们为了拿回飞船的动力－飞空石，和世界和平而踏上了旅程。